Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα "Σπουδές Νοτιοανατολικής Ευρώπης: Πολιτική, Ιστορία, Οικονομικά" είναι μονοετές και εξ ολοκλήρου αγγλόφωνο. Ιδρύθηκε το 1999, σε μια περίοδο πολιτικών αναστατώσεων στα Βαλκάνια, με σκοπό να συμβάλει στην αμοιβαία κατανόηση των προβλημάτων αλλά και των προοπτικών ανάπτυξης, συνεργασίας και καλής γειτονίας στην περιοχή. Κατά την ίδρυση και έναρξή του συνεργάστηκαν διάφορα πανεπιστήμια, αλλά στην πορεία εξελίχθηκε σε αυτόνομο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Στην περίοδο αυτή, το πρόγραμμα έχει δεχθεί πολλούς Έλληνες και αλλοδαπούς και έχει καθιερωθεί ως σημείο συνάντησης αριστούχων φοιτητών από όλον τον κόσμο. Μεγάλος αριθμός αποφοίτων του προγράμματος έχει ήδη απορροφηθεί σε υψηλές κυβερνητικές θέσεις των χωρών τους, σε γραφεία διεθνών οργανισμών, καθώς και στον ιδιωτικό τομέα.
Τα μαθήματα που προσφέρονται κατά τις εντατικές μονοετείς σπουδές του προγράμματος είναι έτσι σχεδιασμένα ώστε να παρέχουν μια βαθιά, εστιασμένη και διεπιστημονική γνώση των ιστορικών, πολιτικών, κοινωνικών, οικονομικών και πολιτιστικών ιδιαιτεροτήτων της Νοτιοανατολικής Ευρώπης. Διδάσκονται, εξ ολοκλήρου στα αγγλικά και οδηγούν στην εκπόνηση διπλωματικής εργασίας, επίσης στην αγγλική γλώσσα. Επιπλέον, κάθε χρόνο υπάρχει πλούσια σειρά διαλέξεων με εξωτερικούς ομιλητές, από τον ακαδημαϊκό, διπλωματικό και επιχειρηματικό χώρο.
